In Wheezy ist von Hause aus Fanotify erstmal nicht im Kernel vernünftig integriert (Stand 17.5.2013, Kernel 3.2.0-4-686-pae).
Das führt dazu dass Fanotify-Programme nicht funktionieren und mit Fehler 3 enden, da sie die entsprechenden Funktionen nicht finden können.
Im Kernel ist der Wert „CONFIG_FANOTIFY_ACCESS_PERMISSIONS“ nicht aktiviert.
Um Fanotify nutzen zu können, muss ein neuer Kernel als root wie folgt gebaut und gestartet werden:

Installation der benötigten Softwareprogramme:

apt-get install make gcc build-essential linux-headers-`uname -r` linux-source

aktuelle Kernelquellen installieren:

cd /usr/src
bunzip2 linux-source-3.2.tar.bz2
tar linux-source-3.2.tar
ln -s linux-source-3.2 linux
cd /usr/src

aktuelle Kernelkonfiguration holen und ändern:

cat /boot/config-3.2.0-4-686-pae >.config
mcedit .config
#ändern von "#CONFIG_FANOTIFY_ACCESS_PERMISSIONS is not set" in "CONFIG_FANOTIFY_ACCESS_PERMISSIONS=y"
make oldconfig

Neuen Kernel jetzt bauen (dauert ca 30 Minuten):

export CONCURRENCY_LEVEL=2 #(Anzahl der Prozessorkerne wegen Multiprozessing)
make-kpkg --initrd --append-to-version=-fanotify kernel_image kernel-headers

Neuen Kernel jetzt installieren und Server neu starten:

cd /usr/src
dpkg -i linux-image-3.2.41-fanotify_3.2.41-fanotify-10.00.Custom_i386.deb
dpkg -i linux-headers-3.2.41-fanotify_3.2.41-fanotify-10.00.Custom_i386.deb
reboot

Jetzt im GRUB-Startmenü den Eintrag „Debian GNU/Linux, mit Linux 3.2.41-fanotify“ auswählen und so den neuen Kernel starten.
Anschließend anmelden und die Fanotify-Programme erneut testen.